Indonesie ligt in het zuid-oosten van Azie, en heeft als hoofdstad Jakarta dat weer op het eiland Java ligt.  De hele republiek bestaat uit een eilandengroep van 17508 eilanden, wat het gelijk de grootste eilandstaat maakt. Dit betekend niet dat alle eilanden door mensen bewoond zijn, dat zijn er namelijk maar ongeveer 6000. De vijf grootste eilanden zijn Java, Sumatra, Kalimantan (ligt op Borneo, dat weer gedeeld word met Maleisie), Nieuw-Guinea (wat gedeeld word met Papoea-Nieuw-Guinea) en Celebes.

Meer dan de helft van Indonesie word bedekt met bossen. In de gehele eilandengroep groeit ongeveer 140 miljoen regenwoud. De bossen herbergen een schat aan plantensoorten. Helaas word er jaarlijks circa een miljoen hectare grond ontbost, omdat door de bevolkingsgroei meer landbouwgronden nodig zijn. Het verbranden van stukken bos om de grond bouwrijp te maken, een methode die toegepast werd door de zogenaamde Dajaks, veroorzaakte nauwelijks schade aan de bossen. Dit kwam omdat bij deze werkwijze het bos de tijd kreeg om zich te herstellen, maar ook omdat het bewoner aantal gering was. De ontbossing door nieuwe bewoners richt echter grote schade aan. Tropisch hout is namelijk ook een belangrijke inkomstenbron.

Dankzij de grote afmetingen, het tropische klimaat en omdat het rijk is aan eilanden, kan Indonesie zeggen dat het de een na grootste biodiversiteit heeft van de wereld. Zowel de flora als de fauna is een mix van Aziatische als Australische soorten. Dit komt omdat in een ver verleden de werelddelen met elkaar verbonden waren. Er waren tijden dat grote diersoorten (zoals de Javaanse neushoorn en Sumantraanse tijger) nog tot in het oosten tot aan Bali voorkwamen. Door het krimpen van het leefgebied zijn hun aantallen sterk teruggelopen. Tegenwoordig word 60% van het land bedekt met bos. Op Java zijn de meeste bossen gekapt om plaats te maken voor mensen en voor de landbouw. De flora op Kalimantan en Sumatra bestaat vooral uit Aziatische soorten. Dit in tegenstelling van Celebes, Maluku en de kleine Soendra-eilanden, die al lange tijd niet meer verbonden zijn met het Aziatische vasteland en daardoor hun eigen unieke flora en fauna hebben ontwikkeld. De zuidelijke landen, zoals Nieuw-Guinea, hebben weer soorten die sterk verwant zijn aan degene die in Australie leven.